En 1985, Alain Juillet devient directeur général de Suchard puis président du comité de coordination de Jacobs-Suchard France. En 1989, il rejoint l’Union laitière normande comme directeur général adjoint en charge du développement international, avant de prendre la direction du groupe dans un environnement difficile et préparer sa cession à Bongrain en 1992. Il passe ensuite 5 ans comme administrateur directeur général de la Générale ultra frais à Rouen, qu’il redresse avant de faire la même chose comme directeur général de France champignon à Saumur.

En 2001, il prend la présidence de Marks and Spencer France et vend l’entreprise en assurant le reclassement de tout le personnel. Il a aussi exercé des fonctions de conseiller dans le domaine de la stratégie, de la gestion de crises, et en développement de sociétés françaises et étrangères.

Le 1er octobre 2002 il est nommé directeur du renseignement à la DGSE, puis, le 31 décembre 2003, haut responsable chargé de l’intelligence économique au Secrétariat général de la défense nationale (SGDN) par le président de la République.