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Coronavirus : pangolin, chauve-souris... le mystère de l’animal hôte demeure

Plusieurs études montrent que le pangolin n'est peut-être pas, comme on a pu le croire, l'hôte initial du Covid-19.
Plusieurs études montrent que le pangolin n'est peut-être pas, comme on a pu le croire, l'hôte initial du Covid-19. © Studio Graphique France Média Monde

De récente études ont remis en cause l’une des principales hypothèses au sujet de la transmission interespèce du nouveau coronavirus, qui faisait du pangolin l’hôte initial du Covid-19.

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Le coupable était trop parfait. Depuis début février, le pangolin, petit mammifère à écailles, avait émergé comme le principal suspect dans l’enquête pour identifier l’animal par qui le Covid-19 est apparu chez l’homme. Mais plusieurs articles scientifiques publiés depuis le 20 février ont remis cette hypothèse en cause. Deux mois après le début d’une épidémie qui a fait plus de 2 700 morts et infecté environ 80 000 personnes, essentiellement en Chine, le mystère de la transmission interespèces du nouveau coronavirus demeure entier.

Lorsque des chercheurs de l’université agricole de Chine du Sud s’étaient présentés à une conférence de presse, le 7 février, ils pensaient pourtant avoir fait un grand bond en avant pour identifier l’animal à l’origine de l’épidémie chez l’homme. Après la civette pour le Sras - un coronavirus qui avait entraîné une épidémie mondiale entre 2002 et 2004 -, et le dromadaire dans le cas du Mers, qui a sévit essentiellement au Moyen-Orient en 2012, il fallait chercher cette fois-ci du côté du pangolin, ont assuré les scientifiques chinois.

Une analyse partielle du génome

“En utilisant des programmes d’intelligence artificielle pour parcourir des bases de données de génomes d’animaux, ils avaient découvert un coronavirus chez des spécimens de pangolin qui présentaient une grande similitude avec le Covid-19”, indique Dimitri Lavillette, chercheur au CNRS et spécialiste des questions de transmission interespèces de pathologies, contacté par France 24. Les résultats de ces recherches suggèrent une correspondance de 99 %. Difficile de faire mieux ?

Le pangolin avait, en outre, tout du suspect idéal. Il est l’un des animaux les plus braconnés au monde, essentiellement pour satisfaire l’appétit des Chinois qui prêtent des vertus aphrodisiaques à sa chair et l’utilisent aussi en médecine traditionnelle. Un spécimen, porteur du virus, aurait très bien pu se retrouver sur le marché de Wuhan, d’où semble être partie l’épidémie, fin décembre. Rapidement, des articles sur “la revanche du pangolin” ont commencé à fleurir sur la toile. Traqué et décimé, il était maintenant à l’origine de l’une des plus importantes crises sanitaires de la décennie.

Mais deux semaines plus tard, les mêmes chercheurs à l’origine de l’hypothèse "pangoline" se sont de nouveau manifestés pour assurer que la présentation de leurs conclusions “était le résultat d’une embarrassante mauvaise communication entre les laboratoires [de l’université]”. Ils n’étaient plus du tout certains qu’il faille blâmer le petit mammifère pour ce qui ressemble de plus en plus à une pandémie.

En réalité, la comparaison avec le Covid-19 “reposait seulement sur des fragments de génomes chez le pangolin”, souligne Dimitri Lavillette. Ces chercheurs avaient simplement établi qu’un bout d’un coronavirus présent chez l’animal ressemblait beaucoup au virus qui sévit actuellement dans plus de 40 pays. Deux autres études chinoises, publiées le 20 février, ont affiné ces résultats et sont parvenus à la conclusion qu'en prenant en compte l'ensemble du génome, la proximité entre les deux était plutôt de l’ordre de 90 %.

La chauve-souris encore et toujours

“C’est insuffisant pour affirmer qu’il s’agit du même génome. À 90 %, il peut s’agir d’un tout autre coronavirus”, souligne le spécialiste français. Le génome du spécimen de civette qui avait permis de remonter à la source de l’épidémie de Sras avait une ressemblance de 99 % avec ce coronavirus.

La quête pour retrouver le passeur de Covid-19 dans le règne animal est ainsi relancée. “Le pangolin reste, malgré tout, un suspect, mais dans ce cas-là, il ne s’agit pas des spécimens analysés jusqu’à présent”, souligne Arinjay Banerjee, spécialiste des coronavirus à l’université McMaster de Hamilton (Canada), interrogé par le magazine Nature.

D’autres pistes ont été explorées sans succès. Tous les animaux présents sur le marché de Wuhan ont été testés sans trouver trace du Covid-19. Il a aussi été question du serpent, et plus précisément du cobra chinois, mais l’hypothèse a été balayée aussi vite qu’elle avait été avancée fin janvier. Toutes sortes d’animaux - des oiseaux aux marmottes - ont été passés à la loupe, mais rien de concluant n’a été découvert.

Reste le mammifère vers qui se tournent les regards à chaque nouveau coronavirus découvert : la chauve-souris. Et, en effet, “on y a découvert un virus qui présente une similitude de 96 % avec l’actuel coronavirus”, reconnaît Dimitri Lavillette.

Mais il ne pense pas que l’Homme ait été contaminé au contact de la chauve-souris. “C’est un réservoir à toutes sortes de coronavirus, mais les cas de transmission directe à l’être humain sont rares”, souligne-t-il. L’hypothèse la plus probable reste, à ses yeux, le même que dans le cas du Sras : la chauve-souris est la source première, mais il y a un hôte intermédiaire qui, contaminé par le chiroptère, l’a ensuite transmis à l’homme.

De l’importance d’identifier l'origine

La difficulté d’identifier l'animal à l'origine de ce virus représente l’une des particularités du Covid-19. Dans le cas du Sras et du Mers, le coupable avait été trouvé dans les jours ou semaines qui ont suivi le début de l’épidémie. “Cette fois-ci, il n’est pas à exclure qu’on ne le sache jamais”, reconnaît Dimitri Lavillette.

Et c’est un problème. La quête du patient animal zéro représente un important enjeu de sécurité sanitaire. “Cela permet d’essayer de casser le chaînon qui a déclenché l’épidémie”, assure l’expert du CNRS. Mettre en place une interdiction générale du commerce d’un animal porteur d’un coronavirus peut éviter la répétition d’une épidémie.

Dans le doute, les autorités chinoises ont instauré, lundi 24 février, une interdiction générale du commerce et de la consommation d’animaux sauvages. Mais une telle mesure risque fort de n’être que temporaire vu l’importance de ce secteur dans l’économie chinoise, rappelle le South Morning China Post. C’est déjà ce qui s’était produit lors de l’épidémie de Sras. Après la levée d'une interdiction générale, Pékin avait continué à interdire le commerce de civette, identifiée comme hôte initial. En attendant, les Chinois pourraient en profiter pour bannir définitivement le commerce de pangolin qui figure sur la liste des espèces menacées de l'Union internationale pour la conservation de la nature.

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